Kirchdorf „Pohchurdorf“ wird im Jahre 790 erstmals schriftlich erwähnt. Das in Kirchdorf ansässige Ortsadelsgeschlecht der Gurren von Kirchdorf wird 1140 bis 1245 erwähnt und gründete um 1200 die Freie Grafschaft Haag, zu deren Herrschaftsgebiet Kirchdorf bis 1804 gehörte. Kirchdorf war der kulturelle und religiöse Mittelpunkt der Freien Grafschaft Haag, welche von 1200 bis 1804 bestand. Die Pfarrkirche Mariä Himmelfahrt von Kirchdorf, der (im Jahre 1315) 14 Filialkirchen unterstanden, wurde um 1200 von den Gurren im romanischen Stil erbaut, im Jahre 1472 von Graf Hans VI von Haag im gotischen Stil neu errichtet und um 1690 barockisiert. Die Krypta von Kirchdorf (Unterkirche) ist die Erbbegräbnisstätte der Reichsgrafen von Haag. Das größte Grabdenkmal dieser Grafen, der Sarkophag des Grafen Ladislaus zu Hag steht heute im Bayerischen Nationalmuseum in der Eingangshalle. Die Kirche von Kirchdorf beherbergt die Gebeine der Seligen Kasta aus den Katakomben von Rom in einem gläsernen Schrein im linken Seitenaltar. Kirchdorf gehörte zum Rentamt München und zum Landgericht Haag des Kurfürstentums Bayern. Im Zuge der Verwaltungsreformen in Bayern entstand mit dem Gemeindeedikt von 1818 die heutige Gemeinde.
Am 1. April 1971 wurden die bisher selbständigen Gemeinden Berg und Fürholzen eingegliedert.